Si dice che, dopo la perdita di Rodi, essi avessero chiesto all’imperatore di stabilire la loro sede in Gallipoli, ma fu loro negata. Nel 1530 lo stesso imperatore elesse a dimora dell’Ordine l’isola di Malta e del Gozo.
Le mire espansionistiche francesi sotto l’imperatore Francesco I non si erano ancora placate. Il regno, già flagellato dalla carestia e dalla peste, nel 1528 fu conquistato; solo alcune città, tra cui Gallipoli, opposero resistenza all’accerchiamento. Il contingente francese, concentrato nella vicina Parabita, infestava le campagne, distruggendo e depredando case e quel che rimaneva dei raccolti. Questo particolare accanimento contro Gallipoli era motivato dalla fedeltà della città all’imperatore Carlo V e dall’ospitalità offerta al marchese della Tripalda, Alfonso Castriota, comandante delle truppe spagnole, discendente dai Principi di Scanderbergh. Questi, durante uno scontro con le truppe francesi era stato sconfitto e si era rifugiato a Gallipoli con la famiglia. La cittadinanza animata dal desiderio di porre fine ad un lungo assedio mobilitò seicento coraggiosi gallipolini armati, comandati da Pietro Castriota, nipote d’Alfonso, ed affrontarono a quattro chilometri da Gallipoli, in località Pergolaci, i soldati francesi, sconfiggendoli. Dopo questo episodio il posto fu denominato Madonna della Vittoria.  Le rivolte contro i francesi si diffusero in tutto il regno finché non furono definitivamente sconfitti. Malgrado ciò l’imperatore Francesco I richiamò i Turchi a scompaginare la pace nel regno di Carlo V e, nel 1543 si riproposero episodi d’invasione da parte dei musulmani.
Nei secoli a seguire Gallipoli incrementò i traffici portuali attraverso il commercio dell’olio lampante prodotto in abbondanza nella Puglia con tutta l’Europa divenendo il secondo porto del meridione.

Maria Rosaria Serino